این دارو به عنوان داروی انتخابی دردرمان یاپیشگیری ازپنومونی ناشی ازپنوموسیس تیس کارینی ونیزتوکسوپلاسموز،نوکاردیاز،عفونتهای مجاری ادراروتشدیدحادبرونشیت مزمن مصرف می شود.همچنین ،کوتریموکسازول فقط در درمان عفونت گوش میانی ناشی ازمیکروارگانیسم های حساس درکودکان مصرف می شود.